Clannad acontece em um colégio em alguma cidade do Japão. Okazaki Tomoya é um estudante do terceiro ano que não leva muito à sério seus estudos. Sempre atrasado para as aulas, ele é visto como um delinquente pelo resto de seus colegas de sala que estão ocupado se preparando para os exames de vestibular. Nem é preciso dizer que ele não tem muitos bons amigos.

Tomoya parece não se importar também, até um dia quando ele conhece uma garota, Furikawa Nagisa, que se encontra sozinha sem amigos nessa escola, por que todos quem ela conhecia já se formaram. Que garota idiota, ele pensa no ínicio. Mas ele não consegue deixar ela sozinha e então, enquanto ajuda ela, ele conhece outras garotas do colégio. Mesmo não se importando muito com elas à princípio, ele logo abre seu coração para elas ao se conhecerem melhor um ao outro.

A resenha acima é baseada na série, o movie é direcionado mais ao Okazaki e Nagisa, nele é retratado acontecimentos no relacionamentos de ambos após a série.