Três anos se passaram desde a guerra de independência, que ficou conhecida como Guerra de Um Ano, de Zeon com a Federação.

O anime se passa no U.C (Universal Century) 0083 quando um grupo chamado Frota Delaz, formado por sobreviventes do exército de Zeon, aparece.

Para conseguir seu objetivo, a reconstrução de Zeon, a Frota Delaz monta a operação Stardust (Poeira Estelar).

Tudo começa quando a Federação inicia os testes dos Gundam Unidades 1 e 2, porém, o principal piloto da Frota Delaz, Anabel Gato, rouba o Gundam Unidade 2 que está equipado com uma ogiva nuclear.

Durante o roubo, o sub-tenente Kou Uraki pega a Unidade 1 para tentar deter Gato.

A história se concentra na perseguição de Kou a Gato, tendo como fundo Stardust, que, com o passar dos episódios, tem sua verdadeira identidade revelada aos poucos: um incrível e bem elaborado plano que irá abalar profundamente a Federação.