Em 1999, uma gigantesca nave de combate extraterrestre cai na Terra e traz uma incrível tecnologia, levando ao começo de uma guerra entre a ONU e a Aliança Anti-ONU.

Oitos anos se passaram e muitos pilotos veteranos morreram um após o outro, então, até adolescentes foram recrutados para lutarem na guerra.

Shin Kudou, um jovem piloto F-14 da ONU e o principal personagem da história, é abatido por uma nave inimiga durante um combate e cai numa ilha aparentemente deserta.

Coincidentemente, uma estranha reação de energia é detectada na ilha e essa reação parece ser originada do ‘ser tecnológico’ ligado à teoria da Pré-cultura, um ser que foi trazido por extraterrestres em tempos remotos. Esse ‘ser tecnológico’ é muito similar à nave extraterrestre que foi encontrada oito anos atrás.

Agora, a ONU e a aliança Anti-ONU estão indo invadir a ilha para recuperar o ‘ser tecnológico’, o que, aparentemente, daria um grande poder a quem tê-lo...