Situada em um cidade de estudantes superhumanos cientificamente avançados, mas num mundo onde magia também é real. A mão direita de Toma Kamijo, o Destruidor de Imaginação, irá negar todo poder mágico, psiquico ou divino, mas não sua própria má sorte. Um dia ele encontra uma jovem garota segurando na grade de sua varanda.

Ela acaba se mostrando uma freira da Igreja da Inglaterra, e sua mente recebeu o implante com o Index-Librorium-Prohibitorum, todos os textos mágicos da Igreja que foram removidos de circulação.